weyo - stock.adobe.com

Resolver Problemas Consiga ayuda para problemas específicos con sus proyectos, procesos y tecnologías.

Bristol, CNRS y Oracle unen fuerzas contra las enfermedades tropicales

Científicos de la Universidad de Bristol y el Centro Nacional Francés de Investigación Científica (CNRS) en Grenoble han identificado una vacuna sintética candidata contra la enfermedad tropical Chikungunya, utilizando Oracle Cloud Infrastructure.

Científicos de la Universidad de Bristol, CNRS en Grenoble y Oracle se han unido para identificar una vacuna sintética candidata contra una enfermedad transmitida por mosquitos, el Chikungunya.

No existe una vacuna para esta enfermedad mortal, que ha aparecido en Francia e Italia, así como en su corazón tropical.

Phil Bates, arquitecto de innovación en la nube en Oracle y profesor honorario de ciencias de la computación en la Universidad de Bristol, cuenta cómo Imre Berger, director del Centro Max Planck-Bristol de Biología Mínima en Bristol, se acercó al proveedor a mediados de 2018 con una montaña de datos que el equipo quería analizar para identificar a una vacuna candidata para el virus.

Tenían los datos de un microscopio crioelectrónico, pero "tomaría años producir modelos precisos", lo que requería "una enorme cantidad de cómputo".

Sin embargo, el sistema que produjeron los equipos científicos de Oracle y de la universidad era algo más que gran capacidad de computación: se trataba de flexibilizar la infraestructura para que fuera apta para cada etapa del flujo de trabajo del proyecto científico.

“La elasticidad de la plataforma que construimos significa que teníamos un hardware óptimo en cada etapa del proceso. Esencialmente, el hardware requerido se compuso sobre la marcha, permitiendo que los flujos de trabajo se ejecuten rápidamente y a bajo costo”, dijo Bates.

Un equipo internacional de científicos de la Universidad de Bristol y el Centro Nacional Francés de Investigación Científica (CNRS) en Grenoble trabajaron en el proyecto, lo que resultó en la emisión de una vacuna que puede almacenarse a temperaturas más cálidas, eliminando la necesidad de refrigeración.

Los hallazgos del proyecto, publicados recientemente en la revista Science Advances, revelan resultados para un candidato a la vacuna Chikungunya, que ha sido diseñado utilizando un "andamio de proteínas" sintético.

Chikungunya, un virus transmitido por la picadura de un mosquito infectado, generalmente causa dolor de cabeza, vómitos, hinchazón de las extremidades y puede causar la muerte. Incluso si la fiebre termina abruptamente, los síntomas crónicos como dolor intenso en las articulaciones, insomnio y postración extrema permanecen.

Anteriormente confinada al África subsahariana, Chikungunya se ha extendido recientemente por todo el mundo a medida que su huésped mosquito abandona su hábitat natural debido a la deforestación y el cambio climático.

Pascal Fender, virólogo del CNRS dijo en un comunicado de prensa: "Estábamos trabajando con una proteína que forma una partícula multimérica que se asemeja a un virus, pero es completamente segura porque no tiene material genético en su interior. Por casualidad, descubrimos que esta partícula era increíblemente estable incluso después de meses sin refrigeración".

Berger, del Centro Max Planck-Bristol, dijo: “Esta partícula tiene una superficie muy flexible y expuesta que se puede diseñar fácilmente. Pensamos que podríamos insertar pequeños trozos inofensivos de Chikungunya para generar un imitador similar a un virus que podríamos usar como vacuna".

Para validar su diseño, los científicos emplearon una técnica recientemente implementada en las instalaciones de microscopía de Bristol dirigida por Christiane Schaffitzel, coautora del estudio.

Cryo-EM produce conjuntos de datos muy grandes a partir de los cuales se puede determinar la estructura de una muestra a una resolución casi atómica, lo que requiere una computación paralela masiva.

Utilizando la infraestructura en la nube de Oracle, el equipo de investigación desarrolló un enfoque computacional novedoso para crear "un modelo digital preciso de la vacuna sintética".

Los profesionales de TI de la Universidad de Bristol, Christopher Woods y Matt Williams, junto con los desarrolladores de Oracle, implementaron paquetes de software en la nube.

"Pudimos procesar los grandes conjuntos de datos obtenidos por el microscopio en la nube en una fracción del tiempo y a un costo mucho menor de lo que se creía posible", dijo Woods.

El proyecto tenía acceso gratuito a la infraestructura de nube Gen 2 de Oracle, dijo Bates de Oracle. “Por lo general, estos investigadores comparten recursos informáticos de alto rendimiento en las instalaciones con otros científicos. Aquí se trataba de optimizar el flujo de trabajo, ampliar el recurso y luego seguir adelante”, dijo.

Aunque es coautor del artículo de Science Advances que describe el experimento, Bates es físico e informático por sus antecedentes, no biólogo. Sin embargo, él cree que este estilo de computación abre una “nueva frontera para la biología sintética, construyendo simulaciones que modelan con precisión cómo funciona la biología, esencialmente la biología digitalizada. Por ejemplo, cuando hay un nuevo virus de la gripe, se puede responder a eso más rápidamente".

Como proveedor, Oracle se beneficia de tales colaboraciones, dijo Bates, en "aplicaciones posteriores para la industria farmacéutica, por ejemplo".

“Aprendemos a hacer cambios en la plataforma en la nube en términos de facilidad de uso. Por ejemplo, en este proyecto desarrollamos la capacidad, para los científicos, de poder comprender mediante programación la cantidad de cómputo que necesitarían en cada etapa del flujo de trabajo”, agregó.

Profundice más

Inicie la conversación

Envíenme notificaciones cuando otros miembros comenten sobre este artículo.

Por favor cree un Nombre de usuario para poder comentar.

- ANUNCIOS POR GOOGLE

Close